明朝末年，遭遇海难后回到家乡的大明水师军官林啸为了阻止东瀛倭寇得到大海盗汪直遗留下的“神机武库”同时找回失踪的战友，接受了水师参将向吉的征召，再次踏上凶险万分的寻宝之路。航行中，凶残嗜血的神秘海怪族群与贪婪狡诈的海盗组织同时盯上了林啸和其他的船员，林啸必须与同伴携手，与狡诈的倭寇以及凶残的巨型章鱼海怪斗智斗勇，完成取得“神机武库”的任务…

民国初年，西北科学社生物研究所收到神秘信件，得知有异变生物出没沙海，于是派出探索小队前往生物实验室，却几乎全灭。刘梦西（肖博 饰）和夏萱（于心妍 饰）作为幸存者带着样本逃离，却在沙丘镇遇见机关，样本损毁，精疲力尽的他们最终被沙丘镇的神弓手柳缨（金雅娜 饰）所救。他们二人发现沙丘镇几乎只剩下老弱病残，而镇外，怪物似乎听到了什么声音，正在悄悄靠近沙丘镇……

当神秘小美人鱼遇上了传说中的大海怪，深藏在海洋深处的秘密也由此揭开，一场充满惊险刺激的海洋冒险之旅即将开启。

一艘货轮在航行时突然遭遇海怪袭击，被寄生虫占据的船员逐渐变异失去人性。船员们在惊险逃生的过程中，竟又遇上海盗劫持，双重危机下生命危在旦夕！惊天海怪来势汹汹，血光漫天，海盗内部分裂，船员人心暗涌，究竟谁，才能活到最后？

本片讲述在1868年航运界传言南海中有海怪破坏船只，各国政府被迫派遣军舰维护航道安全，及调查海怪真伪。不料调查舰被不明怪物撞沉，只有阿洛亚斯教授、助手康索及鱼叉手尼德蓝被鹦鹉螺核子潜艇救起。该船由尼莫舰长指挥，对运载军火船舰均予击沉。尼莫敬重阿洛亚斯之成就，将其视为上宾。潜艇要返回瓦康尼亚基地，中途到深海探索海底世界，此处是该船粮食之主要来源。教授为其科技动力来自海底貂殖的技术惊叹不已，但尼德蓝一心想逃跑，却在荒岛中被食人族逐出。他又查出基地位置，用瓶子装信向外通知。到达瓦康尼岛时，军舰已围住该基地。尼莫