大一新生白泽在开学第一天被各色各样的社团招生吓得转身就跑，慌不择路下跑进了击剑社大本营，对击剑社学姐苏依依一见钟情决定加入击剑社。而同一时刻，以“花剑王子”著称的欧阳子期也来到了社团招新处，在击剑社众人的邀请下，欧阳表示已经结束自己的击剑生涯。为了留住欧阳重整旗鼓，苏依依接过白泽递来的水向前讨好，欧阳接过水决定加入。两人的互动令白泽眼红，一气之下向欧阳下了战帖。

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物