电影讲述了1882年的广东，时局动荡，内忧外患。在广州，湖广商会为了争夺与英商布朗的合作权办了一场擂台赛。梁宽来到擂台替师弟出头，谁知这竟然是英商布朗的阴谋，狂化了的鬼脚七像猛兽一般竟要置梁宽于死地。这时黄飞鸿及时出现救下梁宽，谜底则一点点揭开，英国人来到中国的目的居然是为了制造“战争机器”。而飞鸿一等人这时才刚刚察觉到，这一切的幕后主使另有其人。

甲午战败，丧权辱国的《马关条约》签订后，日本尝到甜头，又想武力强占东沙群岛，进而吞并西沙群岛、南沙群岛。军机大臣张之洞坚决主战，并以钦差大臣的身份前往广州整军备战，于是成为日本人的眼中钉。 日本人知道以慈禧为首的大清当权派根本不敢再战，怎奈民怨沸腾，才态度暧昧，放任张之洞便宜从事。因此他们想摆平张之洞，又不敢明目张胆的自己动手，怕激起更大的民愤，到时清廷不想战也得战了。于是以服部一郎、川岛雪姬为首的日本杀手秘密组织——神奈社，买通白莲教，抓走张之洞大人。 黄飞鸿和他的徒弟们以身犯险查询线索、开始了营救张之

晚清时期，外来入侵，国家内忧外患，民不聊生。黄飞鸿面对列强的压迫，依旧弘扬中国文化，保护民族信仰，与外来者的打击坚持抗争。在这样一个社会动荡的时期，北拳宗师吴镇南，初入佛山北拳南传，却屡屡碰壁，面对黄飞鸿的盛情款待，吴镇南却不愿接受他的帮助。就在这个时候，洋人趁火打劫，把药品研究用在了吴镇南身上，导致两人矛盾再度激化，面对洋人的利用和威胁，吴镇南不得不和黄飞鸿展开激烈的一战。被洋人雇佣来协助研究项目的女孩路小月在秘密研究项目中也慢慢了解到洋人的残暴实验，渐渐地看清了洋人计划，危险一触即发。。。

一日，黄飞鸿与众徒弟前往茶楼饮茶，见到父女两人在外卖艺。黄飞鸿甚为欣赏，遂命徒弟打了赏钱。父女二人上前道谢，认出了大名鼎鼎的黄飞鸿师傅。夜晚，父女二人无意间听到俩僧人在谈论黄飞鸿的只言片语，就一路跟踪到能仁寺。在寺庙内，两人发现朝廷的捕快正和僧人在商议贩卖人口的计策。但不料行踪被发现，结果父亲被打伤，女儿只好逃出去向黄飞鸿求救…

清朝末年，林世荣来到广州，成为一名屠夫，外号“猪肉荣”。一次，林世荣因抗拒阿太前来猪肉摊收保护费，与阿太成了不打不相识的朋友，并得知阿太正在悄悄拉帮结派，为的是对付几个明里开武馆、暗里收集情报的日本人。林世荣与阿太联手，经一番恶战，终将日本人的阴谋粉粹，阿太为此牺牲，林世荣决定拜黄飞鸿为师，练好功夫，为保护百姓出力。

黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利（Jeff Wolfe 饰），不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。失去记忆的黄飞鸿被印第安

王麒英文武双全，尤以十字拳及无影脚名震江湖，使歹徒闻之胆怯，麒英桃李满门，惜独得一子飞鸿，故麒英对飞鸿爱护有加，徒儿之中，有名术赤浪者，为人精明勤奋。好学不倦，深得同门敬重，然后麒英却深察术性冷情绝，实不宜学习中国武术，恐于学成后祸己害人，送赠金使其引退，然而术却误认英对己心存偏见，一怒而去。 时光飞逝，当飞鸿及冠而尚于赏花门之年。麒英见焦故舞弊。英猝然而去。飞鸿被迫继承父业，承担主持宝芝林业务。因飞鸿年少招致同门大师兄威不满，以资历经验为大前提，迫黄飞鸿退位，否则将以武力解决，飞鸿本志不此，然好胜贪玩与

年轻漫画家费英雄，受到老板张鹏的打压，郁郁不得志。而他与张鹏却同时暗恋着公司女同事保儿。机缘巧合之下，他正在执笔的新漫画《功夫联盟》中的四大武学宗师——黄师傅、霍大侠、陈阿真以及叶姓神秘人受到费英雄的召唤穿越时空来到了现代。经历诸多磨难和命悬一线的对抗后，宗师们终于帮助英雄完成了梦想，而他们也都回到了属于自己的时代。

清末，宝芝林所在的广东地区出现饥荒，不料朝廷的赈灾银两却被一伙不知名的贼人所劫。黄麒英和知府到现场查探，根据在案发现场得到的蝙蝠形状的飞镖，判断此案有可能是江洋大盗黑蝙蝠所为。真正的黑蝙蝠（李淮南）知道自己被人嫁祸，也带着跟班梁宽来到广东，希望暗中调查，为自己洗脱冤屈。他一方面以医生的身份救济灾民，一方面以黑蝙蝠的身份，劫富济贫，暗夜来到各大商行和知府家中，逼迫他们捐出银两，来解除广东的灾情，商行和知府惶惶不可终日，只得捐出大量银两。其实，假冒黑蝙蝠，劫走赈灾款的幕后真凶是八王爷，他企图用劫来的银两购买武

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨，后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。