全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！

与司帝国的战斗结束，千空等人为了拯救被冷睡的司而开始行动。为了查明石化现象的谜，科学王国终于以地球的背面·新世界作为目标！为了航海而开始造船的千空等人，为了与航海力100亿的神腕船长成为伙伴，根据记者南的情报，让七海财阀的名门子弟、曾经乘坐帆船的男人“七海龙水”觉醒。“哈哈！世界又是我的了！”豪言壮语的龙水，以其压倒性的贪婪在村子里制作货币，享受豪华的生活。作为船长的替代，我提议要资源之王“石油”……？