一个是热海航海的少年辛巴达，一个是从天儿降的魔法族公主萨娜。他们在一场奇特的相遇过后，便相约搭乘布扎克船长率领的巴哈尔号，踏上更为惊奇的冒险之旅……前方等待他们的将是一个他们前所未见的世界：留有魔法族神秘灯的小岛上，可以在海面奔跑的蓝色骏马，巨人的足迹……所有的景象均超出他们的想象，在这场未知的旅程里，他们将收获不一样的美丽……

《辛巴达 飞翔公主与秘密之岛》是日本动画公司成立40周年的纪念作品，以世界著名的故事集《一千零一夜》中辛巴达的故事为基础进行改编。