巫女世家出身的宫水三叶住在小山村。不知从何时起，三叶在梦中就会变成一个住在东京的男孩。另一方面，住在东京的男孩立花泷总在梦里来到陌生的小山村。受那颗神秘彗星的影响，立花和三叶在梦中交换了身份体验着对方的人生，但是两人并不知道身份交换的背后隐藏着的秘密…

高一那年夏天，帆高离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜。

故事讲述生活在日本九州田舍的17岁少女・铃芽遇见了为了寻找“门”而踏上旅途的青年。追随着青年的脚步，铃芽来到了山上一片废墟之地，在这里静静伫立着一扇古老的门，仿佛是坍塌中存留的唯一遗迹。铃芽仿佛被什么吸引了一般，将手伸向了那扇门…\n不久之后，日本各地的门开始一扇一扇地打开。据说，开着的门必须关上，否则灾祸将会从门的那一边降临于现世。