在上一集J（威尔·史密斯 Will Smith 饰）重新召回K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇。而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展，K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间，J了解到是一个叫做鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）的外星罪犯在1969年干掉了当时还没有太多经验的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰）。而在四十多年后，这个鲍里斯就成为了地球

一位知悉国家机密的CIA探员比利·波普意外身亡，在弗兰克斯博士的协助下将其记忆与技能植入了一位极度危险且无法预测的罪犯杰里科·斯图尔特身上，而探员贵格·威尔斯必须靠这位不定时炸弹来摧毁企图攫取国家机密的犯罪组织。杰里科·斯图尔特为了救回换脑后渐渐爱上的比利·波普被胁迫的妻子和孩子，重新找回自己的生活，不得不在48小时的时间里，与犯罪组织展开殊死搏斗。

故事发生在一座地处偏远的小镇之中，老侦探戴夫正在调查一起恶性凶杀案件，这位凶残的杀手在镇上着实引起了不小的恐慌。随着调查的深入，戴夫发现案情变得愈加扑朔迷离，一个名叫巴尔博尼的男人浮出了水面，成为了戴夫的主要怀疑对象。小镇上来了一位电影明星，巧的是，他不是别人，正是戴夫的童年玩伴艾洛德。一次酒后，艾洛德吐露了一个惊人的秘密，而这个秘密竟然和戴夫几十年前调查的一宗案件有关。渐渐的，戴夫发现自己和家人似乎被卷入了某个阴谋之中，真相究竟是什么？凶手又藏在何处？恪尽职守的戴夫决定追查到底。

父亲去世后马丁带着怀孕的妻子茱莉亚来到纽约附近偏远的小镇开始新的生活。克里斯汀、丹尼尔、赫尔登和汤米是四个即将毕业的大学生，他们选择徒步旅行作为学生生活的最后一段回忆。突如其来的停电使小镇的居民都变得惶恐起来，加油站、发电厂都停业，全国都陷入了黑暗中，但是高级的研究员也找不到停电的原因。黑暗的时候并不可怕，可怕的是在光明处隐藏的黑暗……