故事发生在大都会之战18个月后，在那场战斗中许多建筑和市民惨遭波及。因为超人帮助人类解决了很多问题而被当做神来膜拜，但超人也因与佐德之战对城市造成的破坏而遭到逮捕和审讯，一度成为都市传说的蝙蝠侠韦恩重新出现在人们面前，他似乎正是为了惩罚超人而来。年轻的富豪莱克斯·卢瑟又在二者的矛盾中挑拨离间，神秘的戴安娜·普林斯也因自己的目的介入其中……

乔纳森·肯特是超人克拉克·肯特和记者露易丝·莱恩的儿子。当11岁的乔纳森·肯特发现自己拥有超能力时，这个小半氪星人不出意外地被卷入这充满英雄和恶棍的世界。而现在，地球正受到一种叫做斯塔罗的邪恶外星力量的攻击！达米安·韦恩是蝙蝠侠布鲁斯·韦恩的儿子，自小接受了各种严格教育，精通各式各样的武术，具有高超的侦探技巧。乔纳森·肯特与蝙蝠侠之子达米恩·韦恩亦敌亦友，虽然经常闹矛盾，但是在关键时刻，两人都能抛下所有协同合作。于是，面对外星生物的威胁，地球陷入危险，乔纳森与刺客化身的神童达米安·韦恩一起，挺身而出，联手

罪恶丛生的哥谭市，疯狂的小丑带领恶棍军团展开新一波的犯罪活动。对他来说，犯罪以及引来宿敌蝙蝠侠是无比快乐的事情，可是猛男蝙蝠侠不仅轻松解决掉这群小坏蛋，还根本不将小丑放在眼里。蝙蝠侠的无情言语，深深刺痛了小丑的心。在此之后，孤独的蝙蝠侠收养了罗宾，看上了美丽的女警长芭芭拉，只不过他始终拒绝别人走入他的内心世界。另一方面，自尊严重受挫的小丑从天空监狱找来了霸王龙、迅猛龙、索伦、伏地魔、金刚等史上著名的大坏蛋，他要狠狠地打击自高自大的蝙蝠侠……

布鲁斯·韦恩化身蝙蝠侠于哥谭市行侠仗义两年后，罪犯皆闻风丧胆，他也因此深入接触到哥谭市的阴暗面。他潜行于哥谭市腐败的政要名流关系网中，身边仅有的几个值得信赖的盟友——管家阿尔弗雷德·潘尼沃斯与詹姆斯·戈登警长。这位独行的“义警侠探”在哥谭市民心中已成为“复仇”二字最当仁不让的代名词。

暗夜下的高谭市，迎来新一年的万圣节。偏偏就在这样一个宁静的夜晚，银嗓女妖救出所罗门格兰迪，在闹市区繁华街道引发混乱，危机时刻蝙蝠侠、绿箭侠等正义战士出现，暂时化解危机。在此之后，稻草人、泥面人随同前面两个恶棍接连登场，而他们的幕后指使正是诡计多端、邪恶狡猾的小丑。此时此刻，小丑正策划邪恶的阴谋，他试图在高谭市传播一种能令人狂笑的电脑病毒，足以使这座城市陷入前所未有的混乱。 蝙蝠侠、绿箭侠以及生化人、夜翼还有红罗宾出动迎战……

第四季讲述的是逃跑的怪物们开始肆虐哥谭市，戈登以赏金猎人的身份对其进行追捕，同时寻求Indian Hill逃犯之谜的答案。看起来，这些家伙的超能力正在一点点毁灭他们。