S军区着眼未来战争发展趋势和部队信息化建设需要，决定从所属各侦察、通讯等部队选拔优秀官兵，组建一支能适应未来信息化条件下作战需要，执行应急任务的精锐部队。经严格筛选，初步留下80名队员，然后再进行全程淘汰，直到留下最精锐的队员，形成全天候、全时段的实战能力。集训队队长高风智勇双全，性格刚毅，极具阳刚之美，他以优异成绩毕业于国外某著名的“侦察学校”。他以前瞻性的作战理念贯穿训练始终，并以近似实战的标准摔打集训队的每名队员，包括唯一的一名女队员白凌云。集训队队员康东是一名地方入伍的大学生，对军旅生活充满憧憬和

一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼，一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。